Činnosť INDanube je zameraná na tieto cieľové skupiny:
1) Prevádzkovatelia plavidiel, používatelia dopravy a poskytovatelia logistických služieb: tieto organizácie tvoria hlavnú cieľovú skupinu a sú v centre informačných a podporných činností INDanube. Zahrnutie užívateľov a logistických poskytovateľov služieb dopravy vychádza z potrieb uplatňovať inovácie v rámci celého logistického reťazca s cieľom maximalizovať ich prínos a tvorí predpoklad pre niekoľko oblastí inovácií;
2) Orgány verejnej správy, inštitúcie Európskej Únie: Tieto organizácie nastavujú regulačný rámec pre vnútrozemskú vodnú dopravu tým, že poskytujú infraštruktúru, legislatívu a nariadenia ako aj schémy podpory, respektíve verejného financovania. INDanube sa usiluje o úzku spoluprácu s cieľom zlepšiť celkový rámec pre inovácie v sektore vnútrozemskej plavby. Špecifické a úzke kontakty udržuje s Európskou Komisiou s cieľom maximalizovať využitie programov EÚ v oblasti inovačných aktivít v sektore vnútrozemskej plavby;
3) Médiá a široká verejnosť: INDanube aktivity sú zamerané na šírenie úspešných a osvedčených postupov do sektora vnútrozemskej plavby, logistiky ako aj výrobného sektora. Okrem toho, tieto informačné aktivity prispievajú k zvyšovaniu povedomia a k zmene imidžu sektora vnútrozemskej vodnej dopravy ako inovatívne zameraného sektora prostredníctvom prezentácie úspešných príbehov implementácie inovačných technológií. Okrem toho má za cieľ prostredníctvom informačnej kampane pozitívne ovplyvniť názor politikov, ako aj širokú verejnosť.