A INDanube tevékenységei a következő célcsoportok felé irányulnak:
1) Hajó- és flottaüzemeltetők, szállítmányozók és logisztikai szolgáltatók: ezek a szervezetek alkotják a legfőbb célközönséget és ők állnak az INDanube tájékoztó és támogató tevékenységeinek központjában. A szállítmányozók és a logisztikai szolgáltatók bevonása abból az igényből származik, hogy az innovációt a teljes logisztikai láncon alkalmazni lehessen, kihasználva annak összes előnyét, illetve megteremteni a további széleskörű innováció előfeltételeit.
2) Hatóságok, igazgatási szervek, EU intézmények: ezek a szervezetek határozzák meg a víziközlekedés jogszabályi keretrendszerét, szolgáltatják az infrastruktúrát, a normákat és a támogatási, finanszírozási lehetőségeket. Az INDanube szoros együttműködésre törekszik ezek terén a víziközlekedési innováció általános kereteinek javítása érdekében. Kiemelt figyelem irányul az Európai Bizottság szervei felé azért, hogy maximálisan kihasználhatóak legyenek az EU-s programok az innováció céljaira.
3) Média és a szélesebb nyilvánosság: az INDanube ezeken a területeken is törekszik a kulcsszereplők elérésére a sikertörténetek és jó példák bemutatására a víziközlekedési, logisztikai és a termelő szektor felé. Mindemellett a tájékoztatási tevékenység célja, hogy újra a figyelem középpontjába helyezze a víziközlekedési szektort, az innovációs sikerek mentén megváltoztassa az arról alkotott, jelenleg mellőzöttséget mutató képet, illetve hogy pozitívan befolyásolja a döntéshozók és a szélesebb nyilvánosság véleményét.