INDanube si kladie za cieľ generovať a napomáhať pri realizácii inovačných projektov prostredníctvom ponúkaných služieb a tiež vytvoriť politický rámec, ktorý umožní a podporí inovácie v sektore vnútrozemskej plavby na Dunaji. Tento politický rámec bude začlenený do existujúcich iniciatív Európskej Komisie, ako napr. TEN-T, Stratégia EÚ pre podunajskú oblasť (EUSDR) a NAIADES II, a to s cieľom podporiť rozvoj sektora vnútrozemskej plavby v Európe.
INDanube organizuje prenos poznatkov v dunajskom regióne v súlade s inovačnými potrebami prevádzkovateľov plavidiel a ich logistických partnerov ako aj širšej spoločnosti.
Ako taký, INDanube rieši rozhodujúce nasledovné prvky súvisiace s inováciami: