Az INDanube célja, hogy szolgáltatásain keresztül innovációs projekteket kezdeményezzen és támogasson, illetve hogy támogassa egy olyan keretrendszer kialakítását, amelyik lehetővé teszi és elősegíti az innovációt a dunai víziközlekedés területén. E keretrendszert be kell ágyazni az Európai Bizottság létező kezdeményezéseibe – úgy mint a TEN-T, az EU Duna Regionális Stratégia (EU DRS) és a NAIADES II -, amelyek az európai hajózás továbbfejlesztését célozzák.
Az INDanube feladata a tudástranszfer kialakítása a dunai régióban a logisztikai és értékláncok menti közösség, az üzemeltetők és partnereik felől érkező innovációs szükségletek alapján.
Az INDanube az innováció kritikus elemeire fókuszál, amelyek elsősorban: